Для резидентов магистров  в Самаркандском Государственном Медицинском Институте существуют следующие направления:

•  акушерство и гинекология;
•  терапия (по направлениям)
•  эндокринология;
•  кардиология;
•  неврология;
•  фтизиатрия;
•  наркология;
•  оториноларингология;
•  офтальмология;
•  общая онкология;
•  хирургия (по направлениям);
•  анестезиология и реаниматология;
•  травматология и ортопедия;
•  судебно-медицинская экспертиза;
•  педиатрия (по направлениям);
•  детская хирургия;
•  стоматология (по направлениям);
•  инфекционные болезни (по направлениям);
•  детская неврология;
•  функциональные и инструментальные методы диагностики (медицинская радиология);
•  урология;
•  неонатология;
•  нейрохирургия;
•  дерматовенерология